雷电的电流和电压极高，如果直接击中太阳能发电系统，可能会对太阳能电池板、逆变器、充电控制器等关键部件造成严重的物理损坏。此外，雷电还可能引发火灾，对整个设施造成更大的破坏。
即使雷电没有直接击中太阳能发电系统，其电磁脉冲也可能对系统的电子设备产生破坏性的影响。例如，它可能破坏逆变器中的电子元件，导致设备失效。
（1）对光伏组件的损害：目前所有种类的太阳能光伏发电电池组件中光电转换效率高且坚固耐用的是单晶硅电池组件，雷电主要会对硅材料或体内PN结产生伤害，破坏光伏板电池片PN结晶体场，使其产生缺陷，引起杂质迁移，导致单晶硅半导体寿命下降。
（2）对保护器件的损害：雷电会造成浪涌保护器（SPD）、组件旁路二极管功能失效。
针对雷电对光伏电场区造成的巨大影响，一般采用等电位连接、隔离法和加装保护器等避免雷电危害。
（1）依据GB50065-2011《交流电气装置的接地设计规范》，接地阻值应符合系统低要求。光伏方阵接地装置的冲击接地电阻不宜大于10Ω，高电阻地区（电阻率大于2000Ω·m）大值应不高于30Ω。
（2）光伏发电站的光伏方阵、光伏发电单元其他设备，以及站区升压站、综合楼等建（构）筑物应采取直击雷防护措施，接闪器不应遮挡光伏组件。
（3）独立接闪器和泄流引下线应与地光伏发电方阵电气设备、线路保持足够的安全距离，应不小于3m。
（4）光伏方阵外围接闪针（线）宜设置独立的防雷地网，其他防雷接地宜与站内设施共用地网。
（5）人工垂直接地体的埋设间距宜不小于垂直接地体长度的两倍，受场地限制时可适当减小。
（6）人工接地体在土壤中的埋设深度不应小于0.5m，并宜敷设在当地冻土层以下。
（7）为防止雷电感应，要将整个光伏发电系统的所有金属物，包括电池组件外框、设备、机箱/机柜外壳、金属线管等与联合接地体等电位连接，并且做到各自独立接地。光伏发电系统等电位连接。
